scanpy-mcp

# Scanpy-MCP 通过MCP为scRNA-Seq分析提供自然语言接口。 ## 🪩 它能做什么？ - IO模块，如读取和写入scRNA-Seq数据 - 预处理模块，如过滤、质量控制、标准化、缩放、高度变异基因、PCA、邻居等 - 工具模块，如聚类、差异表达等 - 绘图模块，如小提琴图、热图、点图 ## ❓ 适合谁？ - 任何想要通过自然语言进行scRNA-Seq分析的人！ - 希望为其应用调用scanpy函数的代理开发者 ## 🌐 在哪里使用？ 您可以在大多数支持MCP的AI客户端、插件或代理框架中使用scanpy-mcp： - AI客户端，如Cherry Studio - 插件，如Cline - 代理框架，如Agno ## 🎬 演示 一个演示，展示了在AI客户端Cherry Studio中使用基于scanpy-mcp的自然语言进行scRNA-Seq细胞聚类分析 https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559 ## 🏎️ 快速开始 ### 安装 从PyPI安装 ``` pip install scanpy-mcp ``` 您可以通过运行以下命令进行测试 ``` scanpy-mcp run ``` #### 本地运行scnapy-server 请参考您MCP客户端中的以下配置： ``` "mcpServers": { "scanpy-mcp": { "command": "scanpy-mcp", "args": [ "run" ] } } ``` #### 远程运行scnapy-server 请参考您MCP客户端中的以下配置： 在您的服务器上运行 ``` scanpy-mcp run --transport shttp --port 8000 ``` 然后配置您的MCP客户端，如下所示： ``` http://localhost:8000/mcp ``` ## 🤝 贡献 如果您有任何问题，欢迎提交问题或联系我（hsh-me@outlook.com）。也欢迎对代码进行贡献！