内容
# Scanpy-MCP
通过MCP为scRNA-Seq分析提供自然语言接口。
## 🪩 它能做什么？
- IO模块，如读取和写入scRNA-Seq数据
- 预处理模块，如过滤、质量控制、标准化、缩放、高度变异基因、PCA、邻居等
- 工具模块，如聚类、差异表达等
- 绘图模块，如小提琴图、热图、点图
## ❓ 适合谁？
- 任何想要通过自然语言进行scRNA-Seq分析的人！
- 希望为其应用调用scanpy函数的代理开发者
## 🌐 在哪里使用？
您可以在大多数支持MCP的AI客户端、插件或代理框架中使用scanpy-mcp：
- AI客户端，如Cherry Studio
- 插件，如Cline
- 代理框架，如Agno
## 🎬 演示
一个演示，展示了在AI客户端Cherry Studio中使用基于scanpy-mcp的自然语言进行scRNA-Seq细胞聚类分析
https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559
## 🏎️ 快速开始
### 安装
从PyPI安装
```
pip install scanpy-mcp
```
您可以通过运行以下命令进行测试
```
scanpy-mcp run
```
#### 本地运行scnapy-server
请参考您MCP客户端中的以下配置：
```
"mcpServers": {
"scanpy-mcp": {
"command": "scanpy-mcp",
"args": [
"run"
]
}
}
```
#### 远程运行scnapy-server
请参考您MCP客户端中的以下配置：
在您的服务器上运行
```
scanpy-mcp run --transport shttp --port 8000
```
然后配置您的MCP客户端，如下所示：
```
http://localhost:8000/mcp
```
## 🤝 贡献
如果您有任何问题，欢迎提交问题或联系我（hsh-me@outlook.com）。也欢迎对代码进行贡献！
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