内容
# 非官方基因本体MCP服务器
一个用于访问基因本体（GO）数据的综合模型上下文协议服务器，使AI系统能够执行基于本体的数据分析、基因注释研究和功能富集研究。
## 功能
- **术语搜索与查找**：通过关键词、名称或定义搜索GO术语
- **本体导航**：探索术语之间的分层关系
- **基因注释**：访问基因和蛋白质的GO注释
- **验证**：验证GO标识符并检查术语存在
- **统计**：获取综合本体统计数据和元数据
## 安装
```bash
npm install
npm run build
```
## 使用
### 作为MCP服务器
添加到您的MCP客户端配置中：
```json
{
"mcpServers": {
"go-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
}
}
}
```
### 可用工具
#### 搜索GO术语
跨基因本体术语搜索关键词、名称或定义。
```json
{
"query": "细胞凋亡",
"ontology": "生物过程",
"size": 10
}
```
#### 获取GO术语
获取特定GO术语的详细信息。
```json
{
"id": "GO:0006915"
}
```
#### 验证GO标识符
验证GO标识符格式并检查术语是否存在。
```json
{
"id": "GO:0008150"
}
```
#### 获取本体统计数据
获取关于GO本体的统计数据（术语计数、最近更新）。
```json
{
"ontology": "all"
}
```
### 资源模板
- `go://term/{id}` - 完整的GO术语信息
- `go://annotations/{gene}` - 基因注释
- `go://search/{query}` - 搜索结果
- `go://hierarchy/{id}` - 术语分层关系
## 示例
### 搜索与细胞凋亡相关的术语
```bash
# 使用search_go_terms工具
{
"query": "细胞凋亡",
"ontology": "生物过程",
"size": 5,
"include_obsolete": false
}
```
### 获取GO术语的详细信息
```bash
# 使用get_go_term工具
{
"id": "GO:0006915"
}
```
### 验证GO标识符
```bash
# 使用validate_go_id工具
{
"id": "GO:0008150"
}
```
## 数据源
该服务器与以下数据源集成：
- **QuickGO API** (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) - 主要数据源
- **GO Consortium** (https://geneontology.org/) - 官方基因本体
- **AmiGO** (http://amigo.geneontology.org/) - 附加浏览界面
## 错误处理
服务器包含全面的错误处理功能，用于处理：
- 无效的GO标识符
- 缺失术语
- API超时
- 网络错误
- 格式错误的请求
## 贡献
1. 分叉仓库
2. 创建功能分支
3. 进行更改
4. 添加测试（如果适用）
5. 提交拉取请求
## 引用
如果您在研究或出版物中使用该项目，请按以下方式引用：
```bibtex @misc{geneontologymcp2025,
author = {Moudather Chelbi},
title = {基因本体MCP服务器},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {访问日期：2025-06-29}
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