内容
# 菌丝
> 为 Claude Code 提供代码智能 —— 您的代码库作为一个自我学习的知识图谱。
菌丝索引您的仓库，并将三个工具直接连接到 Claude Code 的上下文中：语义符号搜索、深度结构上下文和重构的爆炸半径分析。该图谱通过您的使用方式学习，随时间提高置信度得分。
**语言：** TypeScript · JavaScript · Python · Go · Rust
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## 为什么是“菌丝”？
在自然界中，菌丝是形成真菌菌根的线状丝——一个巨大的、看不见的网络，它通过土壤传播，连接树木和植物，在整个生态系统中传递营养物质和信号。菌根不仅连接事物；它还会学习哪些路径很重要，并随着时间的推移加强它们。
这个项目的工作方式相同。它在您的代码库中传播，映射每个符号和关系到一个活跃的知识图谱中，并在您需要时悄悄地将该上下文传递给 Claude。您使用得越多，它就越学习——加强通往真正答案的路径，并逐渐消除噪音。
就像菌根一样：看不见的基础设施，在表面下工作，让整个生态系统变得更智能。
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## 安装
```bash
npm install -g hyphae-intel
hyphae setup ~/projects # 注册 MCP + 索引 ~/projects 下的每个 git 仓库
```
重启 Claude Code。就这样 —— 菌丝在每个会话中都处于活跃状态。
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## 安装后您可以向 Claude 询问的内容
菌丝在 Claude 的上下文中添加了三个工具。您不需要直接调用它们 —— Claude 在回答问题时会根据需要自动使用它们。
### 查找任何内容
> *"身份验证在哪里处理？"*
> *"找到速率限制器"*
> *"显示与支付处理相关的所有内容"*
**查询** 工具通过含义搜索，而不是仅仅通过名称。它嵌入您的查询，并使用余弦相似度与图谱中的每个符号进行匹配，在需要时回退到基于名称的搜索。
### 完全理解一个符号
> *"UserService 如何工作？它调用什么，调用它的是什么，它继承什么？"*
> *"显示 Indexer 类的完整上下文"*
**上下文** 工具返回一个符号的所有传入和传出边 —— 调用者、被调用者、导入、继承、接口实现 —— 按关系类型分组。
```
UserService
← IMPORTS : AuthProvider, DatabasePool
← CALLS : UserService (from AuthMiddleware, UserController ×3)
→ CALLS : DatabasePool.query, Logger.info, CacheService.get
→ EXTENDS : BaseService
→ IMPLEMENTS: IUserService
```
### 在您触摸之前了解会发生什么
> *"如果我更改 parseConfig 的签名，其他什么会中断？"*
> *"重命名 DatabasePool 的爆炸半径是什么？"*
> *"显示支付 webhook 处理程序上游的所有内容"*
**影响** 工具遍历图谱以查找所有传递依赖项，按深度分组。置信度阈值过滤掉弱或推测性边，这样您只会看到真正的风险。
```
DatabasePool → 下游影响（深度 3）
深度 1：UserService, AuthService, CacheService
深度 2：UserController, AuthMiddleware, SessionHandler
深度 3：ApiRouter, WebhookHandler
风险：高（23 个下游符号）
```
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## 多仓库支持
索引所有您的仓库，Claude 可以同时推理它们。每个工具上的 `repo` 参数允许您按名称定位特定的仓库：
```
hyphae index --all ~/projects # 索引 ~/projects 下的所有内容
hyphae index --cross-repo . # 解析引用其他仓库的边
```
Claude 在未指定 `repo` 参数时自动使用最近索引的仓库。当您有多个仓库时，它可以比较它们之间的模式。
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## 仪表盘
```bash
hyphae ui
```
在 `http://localhost:4242` 打开一个本地仪表盘，包含：
- **知识图谱** —— 交互式力导向视图，您的代码库，节点按类型着色（类、函数、接口……），边按置信度加权
- **工具调用活动** —— 最近 14 天的 Claude 查询条形图
- **结果分布** —— 工具调用解决成功与未知的情况
- **节点类型分解** —— 符号组成的水平条形图
- **仓库概览** —— 每个仓库的节点/边计数和最后索引时间
仪表盘直接从本地索引中读取 —— 没有数据离开您的机器。
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## 保持索引新鲜
**手动** —— 在重大更改后运行：
```bash
hyphae index # 增量（仅更改的文件）
hyphae index --force # 完全重新索引
```
**自动** —— 安装后提交钩子：
```bash
hyphae setup --git-hook
```
增量索引器使用内容哈希（不是时间戳）来检测更改，因此它只重新解析实际更改的文件。
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## 置信模型
图谱中的每条边都带有多维置信度得分：
| 维度 | 来源 | 权重 |
|-----------|--------|--------|
| `static` | 类型感知解析（ts-morph，tree-sitter） | 1.0 |
| `heuristic` | 框架约定、装饰器模式、跨文件分析 | 0.8 |
| `learned` | 观察到的工具使用情况 ≥50 次事件 | 1.0 |
| `runtime` | 导入的执行跟踪 | 1.2 |
| `aggregate` | 加权组合 | — |
`null` 表示尚未有证据 —— 不会受到惩罚。随着您使用 Claude 探索代码库，`learned` 维度根据实际查询后哪些符号被操作而更新。
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## CLI 参考
```
hyphae setup [dir] 注册 MCP + 索引目录中的所有 git 仓库
hyphae setup --mcp-only 仅注册 MCP，跳过索引
hyphae setup --git-hook 在当前仓库中安装后提交重新索引钩子
hyphae index [path] 增量索引（默认：当前目录）
hyphae index --force [path] 完全重新索引，忽略内容哈希
hyphae index --all <dir> 索引目录下的所有 git 仓库
hyphae index --cross-repo [path] 解析跨仓库边后索引
hyphae index --watch [path] 监视文件更改并自动重新索引
hyphae status [path] 显示节点/边计数和最后索引时间
hyphae query <text> 从终端搜索图谱
hyphae context <symbol> 显示符号的结构上下文
hyphae impact <symbol> 显示爆炸半径（默认上游）
hyphae impact -d both <symbol> 上游 + 下游
hyphae impact --depth 5 <symbol> 更深层次的遍历
hyphae ui 打开本地仪表盘（图谱 + 学习图表）
hyphae ui 8080 使用自定义端口（默认：4242）
hyphae doctor 检查 MCP 注册、索引健康、模型缓存
hyphae log 显示最近的工具调用和索引事件
hyphae trace 导入运行时跟踪数据以更新置信度
hyphae clean 删除当前仓库的索引
hyphae clean --all --force 删除所有索引
hyphae serve 启动 MCP 服务器（Claude Code 自动运行）
```
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## 配置
菌丝默认无需配置即可工作。要自定义，请在仓库根目录添加 `.hyphae.json`:
```json
{
"ignore": ["node_modules", "dist", "build", ".next", "vendor"],
"embeddings": {
"enabled": true,
"model": "Xenova/all-MiniLM-L6-v2"
}
}
```
在大型仓库中禁用嵌入以加快初始索引速度 —— 您可以重新启用并使用 `--force` 重新索引。
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## 工作原理
```
hyphae index
│
├─ walk 发现文件，计算内容哈希
├─ parse tree-sitter 结构提取（节点 + DEFINES 边）
├─ resolve ts-morph 类型感知传递（CALLS, IMPORTS, EXTENDS, IMPLEMENTS）
├─ score 启发式规则，跨文件分析，学习置信度
└─ embed 每个节点使用 all-MiniLM-L6-v2 嵌入
│
.hyphae/graph.db （SQLite，WAL 模式）
│
Claude Code ◄── MCP stdio ◄── 查询 / 上下文 / 影响
```
索引存储在每个仓库中的 `.hyphae/graph.db`（gitignored）。`~/.hyphae/registry.json` 处的全局注册表跟踪所有索引的仓库 —— `hyphae serve` 在启动时加载它们，以便 Claude 可以访问所有内容。
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## 从源代码
```bash
git clone https://github.com/dgtise25/hyphae
cd hyphae && npm install && npm run build && npm link
hyphae setup ~/projects
```
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## 许可证
MIT
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