asb-skill-collections

<p align="center"> <img src="assets/asb-logo.png" alt="AgenticScienceBuilder logo" width="120"> </p> # 技能集合 [](collections/代谢组学/v2) [](collections/代谢组学/v2/skills_index.json) [](collections/代谢组学/v2/tools_index.json) [](LICENSE) [](LICENSING.md) [](https://doi.org/10.5281/zenodo.20794027) 由 [AgenticScienceBuilder](https://github.com/HolobiomicsLab/AgenticScienceBuilder) （ASB）流程生成的、经过整理的、**基于证据**的科学人工智能代理的技能和软件工具集合。每个技能都源自一篇经过同行评议的方法论文和其公开的代码仓库，基于原话证据、EDAM注释，并经过许可/PII门控后发布。 这是一个社区努力，在Dagstuhl研讨会**计算代谢组学**（[26181](https://www.dagstuhl.de/en/seminars/seminar-calendar/seminar-details/26181)，2026年4月26-30日）上启动。 <p align="center"> <img src="assets/asb-overview.png" alt="ASB pipeline: real research papers → ASB → domain benchmark (skills · tools · data) → agents evaluated → community validates, with a domain/community-defined feedback loop" width="640"> </p> > **此次发布 — `metabolomics-v0.1.0` （初步）：** > [`collections/metabolomics/v2`](collections/代谢组学/v2) — **5,865个技能**，跨越 **909个工具**，从 **568篇论文**中提取，用于计算代谢组学 — 主要包括 **LC-MS/MS**，还包括LC-MS、GC-MS、质谱成像、离子迁移率和脂质组学，以及一些 **NMR** 和多组学/统计/通路工具。 ### 此次发布的制品 | 制品 | 状态 | |---|---| | **ASB-Skills** — 基于证据的程序技能 | ✅ **已发布** | | **ASB-Tools** — deduplicated软件工具记录（EDAM + DOIs） | ✅ **已发布** | | **ASB-Benchmark** — 每篇论文的任务 + 声明检索测试集 | ⏳ 即将发布 | | **ASB-Capsules** — 每篇论文的原始ASB流程输出（完整的可追溯性） | ⏳ 即将发布 | 只有 **ASB-Skills** 和 **ASB-Tools** 现在已发布；基准和胶囊层随后发布（参见 [PROVENANCE.md](collections/代谢组学/v2/PROVENANCE.md)）。 ### 结构和路线图 `asb-skill-collections` 是一个 **多领域** 市场 — 它托管ASB生成的任意科学领域的技能集合，按 **出处** （ASB生成）组织，而不是按领域组织，因此存储库名称和市场保持领域无关性，随着新领域的添加： ``` collections/<domain>/<version>/ # 每个领域的完整集合 (e.g. 代谢组学/v2) packs/<domain>/<technique>/ # 较轻的每个技术的子集 (e.g. 代谢组学/lc-ms) ``` 每个领域都提供一个完整的插件（`<domain>`）和每个技术的软件包（`<domain>-<technique>`）。**代谢组学是第一个发布的集合；** 蛋白质组学、转录组学、表观遗传学和其他领域将遵循相同的布局 — 不会重命名，只需在 `collections/` 和 `marketplace.json` 下添加新的条目。 --- ## 📦 安装 > [!TIP] > **最快路径** — 两行Claude Code中的命令：完整的集合或较轻的每个技术的软件包。 ### 🚀 Claude Code（原生插件） ```bash /plugin marketplace add HolobiomicsLab/asb-skill-collections /plugin install metabolomics@asb-skill-collections # 完整的集合（5,865个技能） ``` ### 🧩 较轻的每个技术的软件包 — 只加载您需要的 ```bash /plugin install metabolomics-lc-ms@asb-skill-collections # 也可以：gc-ms, nmr, ms-imaging, # ion-mobility, ce-ms, # direct-infusion, ms-generic ``` > [!NOTE] > 软件包 **重叠** （一个多技术的技能出现在多个软件包中） — 安装 **一个** 完整的插件 **或** 几个软件包，而不是两者。参见 [packs/metabolomics/](packs/代谢组学/README.md)。 ### 🌐 Web UI — Claude · ChatGPT · Mistral 无CLI：上传搜索索引 + 您需要的几个技能作为助手的知识（Claude *Projects*，ChatGPT *Custom GPT/Project*，Mistral *Agent/Library*）并粘贴路由指令 — 步骤在 [USAGE.md](collections/代谢组学/v2/USAGE.md#chat-assistants-via-the-web-ui-claude--chatgpt--mistral) 中。 ### 🤖 任何其他代理 / IDE 该集合是纯Markdown + JSON — 将您的代理指向 `collections/metabolomics/v2/` 并读取索引。参见 [AGENTS.md](AGENTS.md)。 ## 🌍 安装到Claude Code之外 其他代理运行时没有 `/plugin install`。从本地克隆使用捆绑的 `asbb` CLI将软件包物化到运行时自己的位置。 ```bash git clone https://github.com/HolobiomicsLab/asb-skill-collections.git cd asb-skill-collections python3 -m scripts.asbb_cli install --list-runtimes # 查看所有目标 ``` **技能原生运行时** （直接读取 `SKILL.md`）： ```bash # Codex + Copilot CLI + Gemini CLI 共享 ~/.agents/skills — 一个安装： python3 -m scripts.asbb_cli install metabolomics-lc-ms --runtime agents # 或特定主页：--runtime codex | copilot | gemini # 导入到Claude Code的项目： --runtime claude （添加 --user 进入 ~/.claude） ``` **规则/指令IDE** （`SKILL.md` 渲染成它们的格式 — 从目标项目运行）： ```bash python3 -m scripts.asbb_cli install metabolomics-lc-ms --runtime cursor # .cursor/rules/*.mdc python3 -m scripts.asbb_cli install metabolomics-lc-ms --runtime cline # .clinerules/*.md python3 -m scripts.asbb_cli install metabolomics-lc-ms --runtime vscode-copilot # .github/instructions/*.instructions.md ``` **其他** （pi，Antigravity，或没有预设的运行时）： ```bash python3 -m scripts.asbb_cli install metabolomics-lc-ms --dest ~/some/skills/dir ``` 技能原生安装 **默认符号链接** （克隆中的 `git pull` 更新它们）；添加 `--copy` 以获取自包含的副本。 `--dry-run` 预览， `--force` 覆盖未管理的档案，`asbb uninstall <pack> --runtime <id>` 清洁地删除已安装的内容（在 `~/.asbb/installed.json` 中跟踪）。 > 对于 **Claude Code**，上述插件市场仍然是推荐的路径。 ## 使用 **搜索 → 应用 → 验证。** 通过 `skills_index.json` （按EDAM IRI、工具名称或关键词）或 `tools_index.json` 查找技能；阅读其 `SKILL.md` 并遵循该过程；然后可选地 **验证** 其对抗源论文/仓库以验证参数或声明 — 参见下面的 **🔎 验证（Perspicacité）** 部分。需求（库，每个技能的工具依赖）位于 [USAGE §0](collections/代谢组学/v2/USAGE.md)。 ## 🔎 验证（Perspicacité） 技能带有提炼的程序；为了验证确切的参数、阈值或声明，**将技能与论文它被提炼自进行验证**。验证是 **可选和附加的** — 每个技能都无需验证即可工作 — 并在每个插件和软件包中提供。 它由 **[Perspicacité](https://github.com/HolobiomicsLab/Perspicacite-AI)** 提供支持 — Holobiomics Lab的本地优先科学文献-RAG引擎。两个后端， **KB-primary 具有无服务器备用**: - **`kb` （Perspicacité）** — 源论文全文 **+ 补充信息**的RAG，持久且可引用。每个论文的KB（`asb-paper-<doi>`）在首次使用时自动创建和摄取，通过MCP工具 `ensure_kb` / `ground_paper`。 - **`local` （无服务器）** — **无服务器**：`git clone` 技能的源仓库 + 最佳努力开放访问论文，然后直接读取文件。 **使用它** - 在 **Claude Code** 中：运行 **`/ground`** 在正在使用的技能上 — 它安装 + 查询源KB，或在没有运行服务器时回退到本地克隆。 - **任何地方**：调用捆绑的 `bin/perspicacite_kb_bind.py` （`prepare` / `query` / `local`）。 > [!TIP] > **推荐** 在您采取数字参数、阈值或量化声明之前 — > 这是 *"技能表示约5 ppm"* 和 *"论文指定5 ppm"* 之间的区别。 `kb`后端需要可访问的Perspicacité（`PERSPICACITE_BASE`，默认为 `http://127.0.0.1:8000`）；`local`后端只需要 `git` + 网络。完整指南： [USAGE.md §4](collections/代谢组学/v2/USAGE.md)。 ## 集合内容 <p align="center"> <img src="assets/metabolomics-skills-collection.png" alt="Metabolomics skill collection schematic: peer-reviewed papers → ASB → EDAM-typed, deduplicated skills routed via Perspicacité (EDAM filter + skill KB, search_skill_kb) to a Mimosa agent, spanning the untargeted LC-MS/MS workflow and wrapping community tools (GNPS, XCMS, matchms, MS-DIAL, MZmine, SIRIUS, spec2vec)" width="760"> </p> <p align="center">_{LC-MS视图的集合（<code>metabolomics-lc-ms</code>软件包）：论文 → ASB → EDAM类型技能，由Perspicacité路由。该完整版本跨越5,865个技能，涵盖所有技术。}</p> | 文件 | 内容 | |---|---| | `skills/<slug>/SKILL.md` | 每个基于证据的技能（前置事项：EDAM IRIs，`derived_from` DOIs，`evidence_spans`，`tools`，`attribution`） | | `tools/<slug>.yaml` | 具有EDAM + 源DOIs的重复软件工具记录 | | `skills_index.json` / `tools_index.json` | 机器搜索索引 | | `kb_bundle.json` | 技能 → 源论文KB slugs **+ `repo_urls`** （验证映射） | | `bin/perspicacite_kb_bind.py` · `commands/ground.md` · `GROUNDING.md` | 打包验证 — 绑定器，`/ground` 命令和操作指南（在每个插件和软件包中提供） | | `collection.yaml` · `corpus.yaml` | 集合记录 · 每篇论文访问基础（`repo-oa`） | | `CITATION.cff` · `PROVENANCE.md` · `gate_report.json` | 引用 · 它是如何生成的 · 发布门控判决 | 默认入口点是 `skills/_router/SKILL.md`。 有关集合内容的描述（技术和EDAM主题分解） 以及它如何被选中（来源、包含/排除标准、验证、 门控），请参见 **[ABOUT.md](collections/代谢组学/v2/ABOUT.md)**。 ## 它是如何生成的 确切的ASB构建命令和 **混合模型路由** （Opus 4.8用于大纲/卡片修订，Haiku 4.5用于其余部分，OpenAI嵌入）记录在 [PROVENANCE.md](collections/代谢组学/v2/PROVENANCE.md)中，按构建记录在 `build_manifest.json`中。原始的每篇论文 **ASB胶囊** 和 **基准层** （完整的端到端可追溯性）将稍后发布。 ## 属性和引用 如果您使用此集合，请引用 **两个** 集合和 **原始论文** 在您使用的每个技能背后（`attribution.original_doi`）。 - **集合作者** （Zenodo，参见 [`CITATION.cff`](collections/代谢组学/v2/CITATION.cff)）： **AgenticScienceBuilder 社区**，Louis-Félix Nothias，HolobiomicsLab.cnrs.fr，MetaboLinkAI.net。 - **每种技能角色** （在每个 `SKILL.md` 的 `attribution:` 块中）：`generator` （ASB流程）· `curators` （修改/验证 — 尚未）· `promoter` （建议使用 — Louis-Félix Nothias）· `sponsor` （支付API费用 — CNRS & Université Côte d'Azur）· `original_doi` （源论文）。 - **Zenodo DOI:** [10.5281/zenodo.20794027](https://doi.org/10.5281/zenodo.20794027)。 ## 资金和致谢 该协作项目在Dagstuhl研讨会**计算代谢组学**（[26181](https://www.dagstuhl.de/en/seminars/seminar-calendar/seminar-details/26181)，2026年4月26-30日）上启动，我们感谢研讨会的参与者和组织者。 本集合的API生成成本由 **CNRS** 和 **Université Côte d'Azur** 赞助。使用AgenticScienceBuilder流程和Perspicacité（Holobiomics Lab）构建。 ## 📚 来源和出处 技能从同行评议的 **方法论文** 中提取，基于计算代谢组学评论系列（Misra → Enveda）。参见 [`governance/SOURCES.md`](governance/SOURCES.md) 了解来源清单和科学纳入标准，并参见 [`governance/CONTENT_POLICY.md`](governance/CONTENT_POLICY.md) 了解法律/开放访问政策。 **建议或注释一篇论文：** 参见 [贡献 → 建议或注释一篇论文](.github/CONTRIBUTING.md#propose-or-annotate-a-paper). ## 许可证 双重许可，按层（参见 [LICENSING.md](LICENSING.md)）： - **代码** （脚本、工具） — [Apache-2.0](LICENSE)。 - **集合内容** （技能描述、工具记录、结构化元数据） — **CC-BY-4.0** （如每个 `SKILL.md` 、 `collection.yaml` 、 `CITATION.cff` 中所标记）。 - **源论文的逐字引用** （`evidence_spans` ）— 极少、 归属、根据合理使用/引用权；版权持有人可以请求删除。 ## 维护者和贡献 由 [Holobiomics Lab](https://github.com/HolobiomicsLab) 维护 — 参见 [MAINTAINERS.md](governance/MAINTAINERS.md)。策划工作流： [CONTRIBUTING.md](.github/CONTRIBUTING.md)； 利益冲突政策： [COI_POLICY.md](governance/COI_POLICY.md)。所有管理和政策 文档现在位于 [`governance/`](governance/)。 ## 其他集合 `collections/` 还包含 `epigenomics/v1` 、 `transcriptomics/v1` 和较早的 `metabolomics/v1` 。这些是 **暂存/内部** 且 **不是此版本的组成部分** — 只有 `metabolomics/v2` 通过插件发布。 ## 状态和注意事项 - **Zenodo DOI** — [10.5281/zenodo.20794027](https://doi.org/10.5281/zenodo.20794027)。 - **`w3id.org/holobiomicslab/…` IRIs** — 预留标识符，**目前不解析** （重定向未启用）；视为稳定名称，而不是链接。 - **HuggingFace 镜像和排行榜** — 计划中，尚未启动。 - **基准/胶囊** — 稍后发布。