内容
<div align="center">
<h1>穷理 (Qiongli)</h1>
<p><strong>可审查的学术工作流程，适用于 Codex、Claude Code、Claude Desktop、Antigravity 和 Hermes。</strong></p>
<p>规划工作，搜索文献，草拟和审查稿件，运行研究代码，并将证据轨迹保留在一个地方。</p>
<p>
<a href="https://www.npmjs.com/package/qiongli"><img alt="npm 最新版本" src="https://img.shields.io/npm/v/qiongli/latest?style=flat-square&logo=npm&label=npm%20latest"></a>
<a href="https://www.npmjs.com/package/qiongli?activeTab=versions"><img alt="npm 下一个版本" src="https://img.shields.io/npm/v/qiongli/next?style=flat-square&logo=npm&label=npm%20next&color=cb3837"></a>
<a href="https://pypi.org/project/qiongli/"><img alt="PyPI 最新版本" src="https://img.shields.io/pypi/v/qiongli?style=flat-square&logo=pypi&label=PyPI%20latest"></a>
<a href="https://pypi.org/project/qiongli/1.5.0b8/"><img alt="PyPI 测试版本" src="https://img.shields.io/badge/PyPI%20beta-1.5.0b8-3775A9?style=flat-square&logo=pypi&logoColor=white"></a>
</p>
<p>
<a href="packages/qiongli-literature-mcpb/README.md"><img alt="Qiongli 文献提供者 MCPB 版本" src="https://img.shields.io/github/package-json/v/jxpeng98/qiongli?filename=packages/qiongli-literature-mcpb/package.json&style=flat-square&label=MCPB%20literature&color=0f766e"></a>
<a href="packages/qiongli-zotero-companion/README.md"><img alt="Qiongli Zotero 伴侣版本" src="https://img.shields.io/github/package-json/v/jxpeng98/qiongli?filename=packages/qiongli-zotero-companion/package.json&style=flat-square&label=Zotero%20companion&color=cc2936"></a>
</p>
<p>
<a href="README_CN.md">中文 README</a> ·
<a href="docs/index.md">VitePress 文档</a> ·
<a href="docs/zh/index.md">中文文档</a> ·
<a href="docs/quickstart.md">快速开始</a> ·
<a href="docs/guide/install.md">安装</a> ·
<a href="docs/reference/cli.md">CLI</a>
</p>
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## 概览
穷理（Qiongli）适用于需要证据链的研究工作。它将广泛的学术请求转化为具有任务 ID、质量门控、角色交接和标准输出的工作流程，位于 `RESEARCH/[主题]/` 下。 与其要求代理人在一次通过中即兴创作整个论文，不如获得更小的、更容易检查、修订和信任的步骤。
在以下情况下使用它：
- **选择论文路线：** 实证、定性、系统性审查、RCT/预注册、理论或代码优先方法。
- **使文献工作可审计：** 计划搜索、记录诊断、实现搜索包、重复数据删除结果并准备筛选或滚雪球。
- **保持写作与证据绑定：** 将声明映射到来源、检查引用风险、计划图表和表格、审查限制、校对和准备反驳。
- **将研究代码视为研究证据：** 通过 Stage-I `I5 -> I6 -> I7 -> I8` 进行规范、计划、执行和审查。
- **协调多个代理人：** 使用单人、双人或三人模式，具有明确的交接、异议记录和验证状态。
公开名称为 **穷理（Qiongli）**，源自中文 `穷理`：不断询问某个问题背后的原理、证据和限制。完整的方法论名称为 **穷理证澈（Qiongli Zhengche）** (`穷理证澈`)：使证据链、引用风险、假设和声明边界清晰到可审计。
## 从这里开始
| 需要 | 最佳入口 |
|---|---|
| 您需要完整的文档体验 | 打开 [VitePress 文档](docs/index.md)，或在本地运行 `npm run docs:dev` |
| 您更喜欢中文文档 | 从 [中文 README](README_CN.md) 或 [中文文档](docs/zh/index.md) 开始 |
| 您希望在一个客户端使用穷理 | 使用 [安装指南](docs/guide/install.md) |
| 您正在选择论文工作流程 | 使用 [任务配方](docs/guide/task-recipes.md) |
| 您需要可脚本化的安装或升级 | 使用 [CLI 参考](docs/reference/cli.md) |
| 您想了解架构 | 阅读 [架构](docs/architecture.md) |
## 最新稳定下载
当前稳定版本： [v1.6.0](https://github.com/jxpeng98/qiongli/releases/tag/v1.6.0)。这些直接链接涵盖了常见的安装路径；使用下载指南获取特定于主题的桌面 ZIP 和维护者工件。
| 需要 | 链接或命令 |
|---|---|
| npm CLI | [`qiongli@1.6.0`](https://www.npmjs.com/package/qiongli/v/1.6.0)：`npm install -g qiongli@latest` |
| PyPI CLI | [`qiongli 1.6.0`](https://pypi.org/project/qiongli/1.6.0/)：`pipx install qiongli` |
| Claude Desktop/Web 核心技能 | [`qiongli-claude-desktop-skill-core-v1.6.0.zip`](https://github.com/jxpeng98/qiongli/releases/download/v1.6.0/qiongli-claude-desktop-skill-core-v1.6.0.zip) |
| Claude Desktop 文献 MCPB | [`qiongli-literature-provider-0.1.4.mcpb`](https://github.com/jxpeng98/qiongli/releases/download/v1.6.0/qiongli-literature-provider-0.1.4.mcpb) |
| Zotero 桌面伴侣 | [`qiongli-zotero-companion-0.2.2.xpi`](https://github.com/jxpeng98/qiongli/releases/download/v1.6.0/qiongli-zotero-companion-0.2.2.xpi) |
| 所有发布资产 | [下载指南](https://github.com/jxpeng98/qiongli/releases/download/v1.6.0/qiongli-downloads-v1.6.0.md) 和 [GitHub 发布](https://github.com/jxpeng98/qiongli/releases/tag/v1.6.0) |
## 工作原理
```mermaid
flowchart TD
A["研究请求<br/>主题、论文类型、客户端、约束"] --> B["穷理入口<br/>技能、插件命令、CLI 或 MCP 工具"]
B --> C["任务合同<br/>任务 ID、阶段、角色、预期输出、证据规则"]
C --> D{"最小运行时<br/>适合该作业"}
D --> E["仅限技能/插件<br/>工作流程指导、提示、模板、主题叠加层"]
D --> F["文献 MCP<br/>OpenAlex、Semantic Scholar、 Crossref、PubMed"]
D --> G["Zotero 伴侣<br/>本地库搜索、导入文件、参考审查标签"]
D --> H["完整的 CLI / 编排器<br/>医生、任务计划、任务运行、代理运行"]
E --> I["路由阶段<br/>A 框架、B 文献、C 设计、F 编写、I 代码、H 反驳..."]
F --> J["收集搜索证据<br/>查询、提供者状态、诊断、重复数据删除和筛选准备"]
G --> K["同步参考上下文<br/>本地 Zotero 结果、CSL/RIS/BibTeX 导出、审查队列"]
H --> L["运行受控执行<br/>控制器、主控、审查者、验证者、单人/双人/三人模式"]
I --> M["质量门控<br/>声明边界、引用风险、方法拟合、代码审查、验证状态"]
J --> M
K --> M
L --> M
M --> N["编写工件<br/>RESEARCH/[主题]/ 上下文、搜索日志、计划、草稿、代码、审查"]
N --> O{"人类或代理审查"}
O -->|修订| C
O -->|接受| P["可审计的包<br/>证据链、决策、输出和发布/提交材料"]
```
## 当前结构
穷理分为四个表面，您可以仅安装任务实际需要的部分：
| 表面 | 提供什么 | 是否启动本地代理？ |
|---|---|---|
| 技能/插件包 | 代理指令、工作流程命令、模板、标准、主题叠加层和有效技能 Markdown | 否 |
| 文献 MCP 运行时 | 本地文献/提供者工具，如 `qiongli_literature_search`、`qiongli_config_status`、`qiongli_configure_provider` 和 `qiongli_save_provider_config` | 否 |
| 完整的 CLI MCP 运行时 | Python 支持的 MCP 工具，包括 `qiongli_orchestrator_route`、`qiongli_orchestrator_doctor`、`qiongli_task_plan` 和 `qiongli_task_run` | 仅在显式启用时 |
| Shell / Python 编排器 | `doctor`、验证器、`task-plan`、`task-run`、`team-run` 和代码构建路由 | 是，当配置了运行时身份验证 |
此分离在 Desktop 上最为重要。手动技能 ZIP 为 Claude Desktop/Web 提供穷理技能和主题叠加层。.mcpb 安装添加本地文献提供者工具。完整的本地代理运行时保留在 CLI/MCP 表面，可以单独配置和审计。
对于 Codex 市场插件，捆绑的文献 MCP 从插件包启动。通过 `qiongli_config_status` 和本地 `qiongli_configure_provider` 配置提供者密钥，而不是将密钥放入 `.mcp.json` 或插件清单中。Claude Desktop MCPB、Claude Code 插件运行时和完整的 CLI MCP 服务器为其他本地 MCP 客户端提供相同的设置工具。
## 安装决策指南
从适合该作业的最小表面开始。在穷理中，“完整的工作流程”意味着完整的方法论、工作流程、模板、质量门控、技能注册和主题叠加层。它不自动意味着本地提供者调用或本地代理执行。
| 安装路径 | 使用场景 | 优势 | 权衡 |
|---|---|---|---|
| **Codex 市场插件**：`codex plugin marketplace add jxpeng98/skillsplace --ref main` | 您使用 Codex 并希望穷理作为原生技能/插件。 | 安装穷理技能、主题包，如 `qiongli-economics` 和捆绑的零依赖文献 MCP 注册/运行时。无需 Python 即可使用技能或捆绑文献 MCP。 | 完整的 Python 支持编排器 MCP 仍然需要 npm/pipx/bootstrap `full` 加上 `qiongli mcp serve --transport stdio`。 |
| **Claude Code 市场插件**：`claude plugin marketplace add jxpeng98/skillsplace@main` | 您使用 Claude Code 并希望从市场获得完整的工作流程。 | 安装完整的 `subject/complete` 工作流程包的 `qiongli` 和主题条目，如 `qiongli-economics@skillsplace`；包括 `/paper`、`/lit-review` 和 `/code-build` 等斜杠工作流命令，以及与 Codex 相同的零依赖节点文献 MCP 运行时，用于提供者、搜索和状态工具。无需 Python 即可使用技能/命令或捆绑文献 MCP。 | 完整的 Python 支持工具，如 `qiongli_orchestrator_route` 和 `qiongli_task_run`，仍然需要 npm/pipx/bootstrap `full` 加上 `qiongli mcp serve --transport stdio`。 |
| **Claude Desktop/Web 技能 ZIP** | 您希望在 Claude Desktop 或 Claude.ai 中使用穷理，无需代码环境。 | 无需终端。适用于技能引导的论文规划、写作、审查和聚焦主题包。 | 焦点包受 Desktop 上传限制；仅限技能，无密钥，无提供者调用，无本地代理执行。 |
| **Claude Desktop 文献 MCPB**：`qiongli-literature-provider.mcpb` | 桌面需要本地 OpenAlex/Semantic Scholar 搜索和提供者密钥配置。 | 无需 Python 或 npm 安装；与 Desktop 技能 ZIP 清洁配对。 | 仅限文献/提供者工具。它不安装穷理技能，也不启动编排器代理。 |
| **npm / npx**：`npm install -g qiongli` 或 `npx qiongli@latest ...` | 您希望可脚本化的安装、升级和通过 Node 的预构建完整/聚焦主题有效载体。 | 适用于跨客户端资产安装的默认选择；技能有效载体无需 PyPI 依赖。 | 高级桥接命令，如 `setup`、`doctor`、`task-run` 和 `mcp` 需要 Python 3.12+ 和 `PyYAML`。 |
| **引导 `partial`** | 您希望在无需 Python 的情况下使用可移植的工作流程资产和命令发现。 | 简单的 Shell/PowerShell 路径，用于技能和工作流程发现链接。 | 无运行时验证，无 Python 桥接，无本地编排器执行。 |
| **引导 `full` / pipx / pip Python CLI** | 您需要 `doctor`、验证器、本地 `task-plan`、`task-run` 或完整的 CLI MCP。 | 最完整的运行时表面；启用本地检查和 Python 支持的编排。 | 需要 Python 3.12+、`PATH` 中的模型 CLI 和实际代理执行的运行时身份验证。 |
Claude Code 市场状态：是的，Claude Code 可以通过 Skillsplace 安装完整的工作流程，用于核心和主题 `complete` 包。Codex 和 Claude Code 都安装技能/命令包加上捆绑的零依赖节点文献 MCP 运行时，用于提供者、搜索和状态工具。完整的 Python 支持编排 MCP 仍然是单独的，仍然需要 npm/pipx/bootstrap `full` 加上 `qiongli mcp serve --transport stdio`。
预发布测试使用单独的 `qiongli-next` 市场入口。它仅为 Codex 和 Claude Code 安装核心穷理工作流程，保持捆绑的文献 MCP 运行时，并与 `qiongli-next-claude-desktop-skill-core-<tag>.zip` 加 `qiongli-literature-provider-<version>.mcpb` 搭配用于 Claude Desktop。CLI 预发布测试使用 `npx qiongli@next ...`。
详细安装说明位于 [docs/guide/install.md](docs/guide/install.md)。从零开始安装的最快方式是 [docs/quickstart.md](docs/quickstart.md)。
## 安装片段
原生插件安装：
```bash
# Codex
codex plugin marketplace add jxpeng98/skillsplace --ref main
codex plugin marketplace list
# Claude Code
claude plugin marketplace add jxpeng98/skillsplace@main
claude plugin install qiongli@skillsplace
claude plugin install qiongli-economics@skillsplace
# 预发布频道
claude plugin install qiongli-next@skillsplace
```
npm / npx 安装：
```bash
npm install -g qiongli
qiongli install --target all --project-dir "$PWD"
qiongli install --subject economics --target all --project-dir "$PWD"
qiongli install --subject accounting --target all --project-dir "$PWD"
qiongli install --subject economics-accounting --target all --project-dir "$PWD"
qiongli install --subject economics --coverage focused --target all --project-dir "$PWD"
# 预发布测试
npx qiongli@next install --target all --project-dir "$PWD"
npx qiongli@next check --json
# 移除 CLI 安装的全局资产后，请先切换安装通道
qiongli remove --target all --dry-run
qiongli remove --target all
```
引导安装：
```bash
# Linux / macOS
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/jxpeng98/qiongli/main/scripts/bootstrap_qiongli.sh | bash -s -- --profile partial --project-dir "$PWD" --target all
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/jxpeng98/qiongli/main/scripts/bootstrap_qiongli.sh | bash -s -- --profile full --project-dir "$PWD" --target all
```
```powershell
# Windows PowerShell 7+
pwsh -ExecutionPolicy Bypass -File .\bootstrap_qiongli.ps1 -Profile partial -ProjectDir "$PWD" -Target all
pwsh -ExecutionPolicy Bypass -File .\bootstrap_qiongli.ps1 -Profile full -ProjectDir "$PWD" -Target all
```
使用 `partial` 用于技能和工作流程发现。使用 `full` 时，您还需要 Shell CLI、`doctor`、验证器或本地编排器执行。
## 推荐的 CLI 设置向导
安装 npm、pipx、pip 或引导安装后，在需要帮助选择安装或升级路径时使用设置向导：
```bash
qiongli setup
qiongli setup --dry-run
qiongli setup --project-dir "$PWD" --no-doctor
qiongli install --target all --project-dir "$PWD"
```
向导涵盖 `install` 和 `upgrade`、`runtime surface`（`cli`、`codex`、`claude-code`、`antigravity` 或 `multi-platform`）、主题、覆盖范围、`--mode copy|link`、安装范围、CLI 目录 / Shell CLI 位置、`--overwrite` / `--no-overwrite`、提供者配置和医生验证（除 `--no-doctor` 使用）。
在 npm 安装上，`qiongli setup` 委托给捆绑的 Python 桥接，因此需要 Python 3.12+ 加 `PyYAML`。如果您只需要基于 Node 的资产安装，请使用显式 `qiongli install ...` 命令。
提供者密钥通过 `qiongli setup` 传递的密钥使用与 `qiongli provider setup` 和 `qiongli provider doctor` 相同的提供者配置。机密存储在生成的研发工件之外的提供者配置中。设置配置凭证并运行医生/能力检查；它本身并不保证外部搜索结果。
提供者密钥通过 `qiongli setup` 输入的密钥使用与 `qiongli provider setup` 和 `qiongli provider doctor` 相同的提供者配置。机密存储在生成的研发工件之外的提供者配置中。设置配置凭证并运行医生/能力检查；它本身并不保证外部搜索结果。
## 移除 CLI 安装的资产
使用 `qiongli remove`（别名：`qiongli uninstall`、`qiongli delete`）删除 CLI 安装的全局工作流程资产和发现链接。它不卸载市场插件，如 `qiongli` 或 `qiongli-next`；请通过 Codex、Claude Code 或 Claude Desktop 插件管理器删除它们。
## 手动桌面端和MCP边界
Claude Desktop / Claude.ai 可以在无需终端的情况下使用 Qiongli：
1. 下载一个发布技能 ZIP 包，例如 `qiongli-claude-desktop-skill-core-<tag>.zip` 或 `qiongli-claude-desktop-skill-economics-<tag>.zip`。
2. 通过 Desktop/Web 技能流程上传它。
3. 启用已上传的 `qiongli` 技能。
Desktop/Web ZIP 包使用 `coverage=focused` 以保持在当前的 180 个文件上传预算内。它是专门针对特定学科的，而不是质量较低的。它保留了工作流程、提示、模板、标准、选定的配置文件、`skills-summary.md`、`skills-core.md` 和使用分层叠加生成的选定有效技能 markdown。
此 Desktop 技能 ZIP 包是**仅限技能**：它不存储任何机密信息，也不执行提供程序调用。要添加本地 Desktop 文献工具，请安装单独的 Qiongli 文献提供程序 `.mcpb`：
```text
qiongli-literature-provider.mcpb
```
MCPB 运行一个零依赖 Node stdio 服务器，用于 OpenAlex、Semantic Scholar、Crossref 和 PubMed 搜索、提供程序状态和提供程序密钥保存。它支持通过本地向导设置提供程序、查询变体、金融/经济深度搜索路由、分页、重试诊断和有限的引用/参考元数据扩展。桌面端用户需要 `qiongli-literature-provider` MCPB 或平台原生搜索，然后才能声明 `provider_connected`；否则，记录运行为 `strategy_only`，并将平台搜索或用户提供的语料库视为证据源。金融/经济数据 API（如 FRED 和 SEC EDGAR）属于单独的数据 MCP 接口；请参阅 [金融/经济数据 MCP 边界](docs/advanced/finance-econ-data-mcp.md)。
MCPB 不会启动编排代理。要通过 MCP 暴露完整的 Python 支持的代理运行时，请安装 npm、pipx/pip 或 bootstrap `full` CLI 运行时，并进行配置：
```bash
qiongli mcp serve --transport stdio
qiongli mcp config example --target codex --json
qiongli mcp config example --target claude-code --json
qiongli mcp config example --target hermes --json
```
完整的 CLI MCP 服务器暴露：
- `qiongli_config_status`
- `qiongli_save_provider_config`
- `qiongli_collect_evidence`
- `qiongli_orchestrator_route`
- `qiongli_orchestrator_doctor`
- `qiongli_task_plan`
- `qiongli_task_run`
从 Codex、Claude Code、Antigravity 或另一个本地 MCP 客户端使用 `qiongli_orchestrator_route`，当自然学术请求可能需要多代理协调、独立审查、交接、严格闸门或可审计的任务运行工件时。它返回一个预览优先的 `doctor -> task_plan -> task_run` 序列。`qiongli_task_run` 默认进入预览模式。只有当 MCP 调用者显式发送 JSON 布尔值 `run_agents: true`，并且本地运行时通过 `doctor` 时，它才会启动本地运行时代理。项目本地指导使用 `.qiongli/local_guidance.md` 和 `.qiongli/trace/`，如果缺少这些文件，第一个非 `off` 任务运行将初始化它们；正式任务输出仍属于 `RESEARCH/[topic]/...`。
请参阅 [跨平台 MCP 服务器](docs/advanced/cross-platform-mcp.md) 和 [MCP 提供程序设置](docs/advanced/mcp-providers-setup.md)。
## 学科包和叠加
用户可见的技能名称为 `qiongli`。安装目录仍为 `qiongli-workflow`，以兼容现有的客户端和发布工件。
当前官方学科：
- `core`
- `economics`
- `accounting`
- `business`
- `finance`
- `political-economy`
- `geoeconomics`
- `economics-accounting`
默认安装意味着 `core/complete`。CLI/npm 专项安装默认为 `coverage=complete`，因此 `--subject economics` 意味着完整的框架加上经济专项，而不是减少的包。只有在需要刻意精简包和 Desktop/Web ZIP 等效包时，才使用 `--coverage focused`。
学科专项是分层的：
- `core` 拥有共享的工作流程合约、通用技能、模板、标准和质量闸门。
- 学科包通过选定的配置文件、追加叠加、声明的章节替换和学科特定技能添加学科深度。
- 有效包从 `skill_refs`、学科叠加、分层章节覆盖和可选的本地自定义叠加生成。
- 通用技能源文件不会重复。
此阶段的公共 Desktop ZIP 学科包括 `core`、`economics`、`business`、`finance`、`political-economy`、`geoeconomics` 和 `economics-accounting`；目前尚无独立的会计 Desktop ZIP。
对于源代码/Python 工作流程，提供本地自定义支持：
```bash
qiongli customize --subject economics --name my-econ-lab --out ./qiongli-custom/econ-lab
python3 scripts/materialize_subject_package.py --subject economics --custom-dir ./qiongli-custom/econ-lab --source . --out /tmp/qiongli-workflow
```
npm 运行时安装使用预生成的 payloads，在此阶段不接受运行时 `--custom-dir`。
请参阅 [学科包装模型](docs/advanced/subject-packaging-model.md)。
## 工作流程运行时
Qiongli 在 `RESEARCH/[topic]/` 下写入持久研究工件。最常见的运行时检查是：
```bash
python3 -m bridges.orchestrator doctor --cwd .
python3 -m bridges.orchestrator task-plan --task-id F3 --paper-type empirical --topic ai-in-education --cwd .
python3 -m bridges.orchestrator task-run --task-id F3 --paper-type empirical --topic ai-in-education --cwd .
```
有用的控制：
- `--execution-mode solo|duo|triad`
- `--controller codex|claude|antigravity`
- `--primary`、`--reviewer` 和 `--verifier`
- `--solo-role-gates strict|standard|off`
- `--mcp-strict` 和 `--skills-strict`
- `--research-depth deep`
- `--only-target <id>`
完整功能需要真正的 Python 运行时加上 `PATH` 中的模型 CLI：`python3`、`codex`、`claude` 和 `antigravity`。您还需要运行时身份验证。`codex` 可以使用 `OPENAI_API_KEY` 或现有的 ChatGPT/Codex 登录，`claude` 使用 `ANTHROPIC_API_KEY` 或现有的 Claude Code 登录，`antigravity` 使用本地 Antigravity CLI 登录/配置。
如果没有这些运行时组件，您仍然可以安装资产并使用 shell `qiongli check|upgrade|align`，但 `doctor`、验证器、测试和完整编排执行将部分或完全不可用。
## 学术理念边界
Qiongli 包括一个学术理念漏斗和学术 Grill 环路，用于早期论文输出。这是 Matt Pocock 的 `grill-me` 交互模式的学术改编，而不是通用 `grill-me` 克隆。该改编将逐一澄清问题转化为学术理念发现：主张强度、证据阈值、竞争解释、可行性、场地/审稿人风险和进入 `context/boundary_review.md` 的交接。
漏斗工件是:
```text
RESEARCH/[topic]/context/idea_funnel.md
```
边界工件是:
```text
RESEARCH/[topic]/context/boundary_review.md
```
来源致谢： [Matt Pocock 的技能仓库](https://github.com/mattpocock/skills)。
## 仓库地图
| 路径 | 角色 |
|---|---|
| `content/workflow/` | 便携式技能包源：`SKILL.md`、工作流程、引用、代理、标准 |
| `content/distribution/` | 用于生成的 Codex/Claude Code payloads 的规范插件元数据 |
| `content/skills/` | 规范的学术能力卡和注册表 |
| `content/subjects/` | 学科目录、叠加、学科特定技能和物化规则 |
| `content/templates/` | 研究工件模板 |
| `content/standards/` | 规范合约，包括 `standards/research-workflow-contract.yaml`、`standards/mcp-agent-capability-map.yaml`、模式和质量闸门 |
| `packages/python-qiongli/` | Python CLI/运行时包和桥模块 |
| `packages/npm-qiongli/` | npm 安装程序、捆绑 payload 和 Python 桥入口 |
| `packages/qiongli-literature-mcpb/` | Claude Desktop 文献提供程序 MCPB 包源 |
| `docs/` | 用户、高级、参考、架构和维护者文档 |
| `tests/` | 合约、物化、MCP、运行时、包和编排测试 |
生成的输出故意不作为正常的特性审查目标。正常的特性 PR 应该只更新规范源、测试和文档。发布自动化执行到临时根目录的分阶段物化，包括 `plugins/qiongli/`、`plugins/qiongli-next/`、`packages/qiongli-plugin/` 和 `packages/qiongli-next-plugin/`。
添加或深化学科时，请更新 `content/subjects/catalog.yaml`、学科叠加、学科特定注册表/markdown、选定的配置文件、评估固定装置、专项审计预期术语、物化测试、npm 包合约测试（针对分阶段物化）和发布验证（如果学科有 Desktop/Web 工件）。
有关代理和技能协作详细信息，请参阅 [代理-技能协作](docs/advanced/agent-skill-collaboration.md)。遗留 shell 安装程序源代码仍可在 `scripts/install_qiongli.sh` 处找到；大多数用户应首选 [docs/guide/install.md](docs/guide/install.md) 中的安装路径。
## 验证
常见的本地检查：
```bash
uv run python -m unittest tests.test_mcp_cli tests.test_mcp_tool_handlers tests.test_mcp_stdio_server -v
uv run python -m unittest tests.test_orchestrator_workflows tests.test_controller_agnostic_orchestration -v
uv run python scripts/validate_research_standard.py --strict
npm test --prefix packages/npm-qiongli
git diff --check
```
对于运行时准备就绪：
```bash
uv run python -m bridges.orchestrator doctor --cwd .
```
## 更多文档
- [快速入门](docs/quickstart.md)
- [安装指南](docs/guide/install.md)
- [使用代理技能](docs/guide/using-agent-skills.md)
- [任务配方](docs/guide/task-recipes.md)
- [多代理运行时指南](docs/guide/multi-agent.md)
- [CLI 参考](docs/reference/cli.md)
- [架构](docs/architecture.md)
- [跨平台 MCP 服务器](docs/advanced/cross-platform-mcp.md)
- [插件优先架构](docs/advanced/plugin-first-architecture.md)
- [控制器模式](docs/advanced/controller-modes.md)
- [学科包装模型](docs/advanced/subject-packaging-model.md)
## 设计传承
Qiongli 从现有的代理工作流程项目中借鉴了有用的想法，同时将它们适应于学术研究：
- [fengshao1227/ccg-workflow](https://github.com/fengshao1227/ccg-workflow)：严格的阶段分离，spec -> plan -> execute -> review 和受限执行。
- [GuDaStudio/skills](https://github.com/GuDaStudio/skills)：可重复使用的 Claude 导向的协作技能打包。
- [Matt Pocock 的 `grill-me` 技能](https://github.com/mattpocock/skills/blob/main/skills/productivity/grill-me/SKILL.md)：逐一澄清问题，改编为学术理念漏斗和学术 Grill 环路，用于可防御的学术理念形成。
## 社区致谢
感谢 [linux.do](https://linux.do/) 社区提供开放的中文空间，用于讨论实用 AI 工具、开发者工作流程和本地优先的生产力。随着工作流程的成熟，Qiongli 将在那里共享，以便接触更多用户并收集直接反馈。
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