mcp-molecules

# mcp-molecules [](https://github.com/laszlopere/mcp-molecules/actions/workflows/ci.yml) [](https://pypi.org/project/mcp-molecules/) [](https://www.python.org/) [](LICENSE) [](https://github.com/sponsors/laszlopere) [](https://github.com/astral-sh/ruff) [](https://mypy-lang.org/) [](https://github.com/laszlopere/mcp-molecules/commits) **用于人工智慧的原子和分子 — 可信赖的化学工具，通过权威数据计算并支持实时查询。** 原子组合成分子，而语言模型询问相关问题时，不应仅从记忆中回忆事实，而是应该**计算**出可信赖的答案。mcp-molecules 是一个不断成长的工具箱，用于处理化学元素和分子 — 离线、确定性，并由权威来源支持，如 NIST 原子质量和同位素组成数据库。 例如，它已经可以根据化学式返回其分子量：询问“葡萄糖（C₆H₁₂O₆）的重量是多少？”它会解析公式，查找每个元素在 NIST 数据中的信息，并计算摩尔质量，而不是猜测它。计划中还包括更多面向分子的工具。 你可以询问诸如： - **"一摩尔葡萄糖的重量是多少?"** — 解析名称为 C₆H₁₂O₆ 并计算摩尔质量。 - **"Fe₂(SO₄)₃ 的质量有多少是铁?"** — 每个元素的质量百分比组成。 - **"咖啡因的摩尔质量是多少，包含不确定性?"** — 传播 NIST 标准不确定性。 - **"氯仿的质量光谱是什么样子的?"** — 自然氯同位素模式（M，M+2，M+4 … 峰值）。 - **"咖啡因的 [M+H]⁺ m/z 是多少?"** — 质子化离子的质量。 - **"哪个化合物的分子式是 C₉H₈O₄?"** — 公式 → 名称（阿司匹林及其异构体）。 - **"C₂H₆O 的异构体是什么?"** — 一个公式，多个名称（乙醇和二甲醚）。 ## 它提供什么 - **`molecular_weight_calculator`** — **（当前示例）** 计算化学式的分子量（摩尔质量）。参数： - `formula` — 元素符号，整数乘数，任意嵌套的括号，以及同位素标签 `D`（氘）和 `T`（氚）。示例：`H2O`，`C6H12O6`，`Ca(OH)2`，`Fe2(SO4)3`，`((CH3)2CH)2`，`D2O`，`Tc`。 - `unit` — `g/mol` **（默认）**，`kg/mol`，`Da`，`u` 或 `kDa`。 - `uncertainty` — 在正交中传播每个元素的 NIST 标准不确定性，并报告 `value ± sigma`。 - `monoisotopic` — 使用每个元素最丰富的同位素（质谱单同位素质量）代替标准原子量。 - `composition` — 返回每个元素的质量百分比组成。 - **`isotope_distribution`** — 计算公式的自然同位素模式（质谱仪看到的峰值），包括每个峰值的质量，m/z 和相对强度，以及单同位素和平均质量。参数： - `formula` — 与 `molecular_weight_calculator` 相同的语法。 - `charge` — `0` **（默认）** 报告中性质量；非零 `n` 报告 m/z 为 `[M+nH]`/`[M-nH]` 离子。 - `threshold` — 丢弃低于此百分比的峰值 **（默认 0.1）**。 - `limit` — 返回的最大峰值，优先显示最强的峰值 **（默认 10）**。 - `grouping` — `unit` **（默认）** 折叠为名义整数质量；`exact` 保留每个已解决的同位素。 - **`find_chemical_compound`** — 按名称或分子式查找化合物。首先搜索捆绑的离线数据库（PubChem 子集）和可写的用户缓存，然后 — 除非禁用 — 在线回退（PubChem，Wikidata，以及设置 API 密钥时，EPA CompTox），缓存它获取的内容。参数： - `query` — 名称（`aspirin`，`acetylsalicylic acid`）或公式（`H2O`，`C9H8O4`）；公式在 Hill 系统中匹配。 - `by` — `auto` **（默认）** 猜测名称与公式，并回退到另一个方向；`name` 或 `formula` 指定方向。 - `limit` — 公式查找返回的最大化合物（异构体共享公式），首选名称。 默认启用在线回退；将 `MCP_MOLECULES_ONLINE` 设置为假值（`0`/`false`/`no`/`off`）以保持查找完全离线。EPA CompTox 源还需要 `MCP_MOLECULES_EPA_API_KEY` 中的免费 CCTE API 密钥；如果没有它，则跳过该源。 - **`info`** — 服务器可用性/版本/环境健康检查。 ## 安装 ```sh uv tool install mcp-molecules ``` ## 在 Claude Code 中注册 ```sh claude mcp add molecules -- mcp-molecules ``` ## 开发 ```sh uv sync --all-extras uv run mcp-molecules # 通过 stdio 运行服务器 uv run pytest # 测试 uv run ruff format . # 格式化 uv run ruff check . # 检查 uv run mypy # 类型检查 ``` `.githooks/` 中的预提交钩子自动格式化和检查暂存的 Python 文件，因此 CI 格式门控不会被错过。每个克隆后启用它： ```sh git config core.hooksPath .githooks ``` ## 数据 元素质量来自 NIST 原子质量和同位素组成数据库（<https://physics.nist.gov/cgi-bin/Compositions/stand_alone.pl>），该数据库属于公共领域。数据作为 `mcp_molecules/data/nist_atomic_weights.json` 捆绑在软件包中。 ## 赞助 赞助该项目将使其继续存在。如果它对您有用，请考虑 [赞助](https://github.com/sponsors/laszlopere)。 ## 致谢 想法和灵感来自 Mátyás Mayer。想法很棒，灵感无价。 ## 许可证 GPL-3.0-or-later。参见 [LICENSE](LICENSE)。捆绑的 NIST 数据是公共领域。