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# Allen Brain 接口 MCP 服务器
一个用于查询 Allen Institute for Brain Science 接口的综合模型上下文协议（MCP）服务器。该服务器通过 RESTful 模型访问（RMA）格式和各种 Allen Brain Institute 数据集的高级端点提供对 Allen Brain 接口的访问，包括细胞类型、小鼠连接性、本体论、图像下载、网格数据和神经元模型。
## 功能
- **`执行 RMA 查询`**: 允许发送原始的、通用的 RMA 查询，以获得最大灵活性。你可以查询 `标本`、`切片数据集`、`结构` 等模型，并动态过滤它们。
- **`获取细胞标本`**: 从细胞类型数据库中查询细胞标本的便捷工具，按物种（例如 *小鼠* 或 *人类*）。
- **`获取小鼠连接性实验`**: 从小鼠脑连接性地图集快速获取投影/注射实验的高级工具。
- **`获取地图集`**: 通过接口获取可用的地图集。
- **`获取结构图`**: 获取结构图。
- **`获取结构`**: 获取有关解剖结构的數據，可选按图 ID 过滤。
- **`获取地图集图像`**: 列出属于指定地图集的地图集图像。
- **`获取切片图像`**: 列出属于指定切片数据集的切片图像。
- **`获取网格数据下载 URL`**: 返回用于下载切片数据集的 3-D 表达网格数据的 URL。
- **`获取神经元模型`**: 获取生物物理详细的神经元模型记录。
## 安装
该项目使用 TypeScript 构建。要安装依赖项：
```bash
cd allenbrain-mcp
npm install
```
## 构建
编译 TypeScript 代码：
```bash
npm run build
```
## 运行服务器
使用 `node` 启动服务器：
```bash
npm start
```
或在开发模式下使用 `tsx` 监视：
```bash
npm run dev
```
## 测试
测试使用 Vitest 编写。模拟 `axios` 用于在测试套件期间防止实际的网络调用。
```bash
npm run test
```
## 添加到代理（例如，Gemini CLI）
要将此 MCP 服务器与 Gemini CLI 等代理集成，您需要配置代理以识别和执行服务器。
1. **确保服务器已构建**：
```bash
cd /path/to/allenbrain-mcp
npm run build
```
2. **配置代理**：您通常需要提供服务器可执行文件的路径。对于 Gemini CLI，这通常通过配置文件完成（例如，`tool-code-interpreter.json` 或类似，具体取决于您的设置）。添加一个指向编译服务器的条目。
配置示例条目（将 `/path/to/allenbrain-mcp` 调整为您的实际目录）：
```json
{
"mcpServers": {
"allenbrain-api": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/allenbrain-mcp/build/index.js"]
}
}
}
```
配置后，您的代理应该能够列出和调用此 MCP 服务器提供的工具。
## 免责声明和支持
该项目是一个正在进行的工作，并非所有功能都已用实时数据进行详尽测试。虽然已努力根据可用的文档准确反映 Allen Brain 接口，但该项目并未得到 Allen Institute for Brain Science 的官方链接或认可。
欢迎提供反馈、错误报告和贡献，以提高其完整性和可靠性。
