内容
pgx-mcp
[](https://github.com/Julius-Schmidt/mcp-pharmacogenomics/actions/workflows/ci.yml)
[](https://pypi.org/project/pgx-mcp/)
[](https://pypi.org/project/pgx-mcp/)
[](https://opensource.org/licenses/MIT)
一款开源的MCP服务器，为Claude提供实时访问药代动力学数据库的能力，将基因变异查询和药物相互作用检查从45分钟的手动工作流程转变为一次对话。
<!-- TODO: Add demo GIF/video here -->
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## 功能特点
- **ClinVar**：变异体的临床意义和致病性
- **PharmGKB**：药物-基因相互作用、临床注释、CPIC/DPWG剂量指南
- **gnomAD**：不同祖先人群的群体等位基因频率
- **Open Targets**：药物-靶点-疾病关联、药代动力学证据
- **ClinicalTrials.gov**：临床试验搜索（美国和国际）
## 安装
```bash
pip install pgx-mcp
```
或使用uvx：
```bash
uvx pgx-mcp
```
## Claude 桌面配置
将以下内容添加到您的Claude Desktop配置文件（`~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json`）：
```json
{
"mcpServers": {
"pgx-mcp": {
"command": "uvx",
"args": ["pgx-mcp"]
}
}
}
```
适用于本地开发：
```json
{
"mcpServers": {
"pgx-mcp": {
"command": "uv",
"args": ["--directory", "/path/to/mcp-pharmacogenomics", "run", "pgx-mcp"]
}
}
}
```
## 可用工具
| 工具 | 来源 | 描述 |
|------|--------|-------------|
| `lookup_variant_clinvar` | ClinVar | 变异体的临床意义 |
| `search_gene_variants_clinvar` | ClinVar | 基因中列出变异体 |
| `get_drug_gene_interactions` | PharmGKB | 药物-基因对的临床注释 |
| `get_drug_info` | PharmGKB | 药物详细信息和交叉引用 |
| `get_dosing_guideline` | PharmGKB | CPIC/DPWG剂量建议 |
| `search_drug_targets` | Open Targets | 药物机制、适应症、药代动力学证据 |
| `get_variant_frequency` | gnomAD | 群体等位基因频率 |
| `search_clinical_trials` | ClinicalTrials.gov | 试验搜索和筛选 |
| `get_trial_details` | ClinicalTrials.gov | 完整的试验详细信息 |
| `pgx_consultation` | 所有 | 综合药代动力学咨询报告 |
## 示例用法
询问Claude：
> "我的患者是CYP2D6不良代谢者（*4/*4），需要进行疼痛管理。我应该开什么药？"
> "克洛匹格雷和CYP2C19的CPIC指南是什么？"
> "德国有哪些正在招募的药代动力学临床试验？"
## 配置
所有设置均为可选，并通过环境变量（或`.env`文件）：
| 变量 | | 描述 |
|----------|---------|| `PGX_MCBI_API_KEY` | NCBI API密钥，用于提高速率限制（3/s → 9/s） |
| `_MCP_CACHE_TTL_SECONDS 3600 | 缓存（秒） |
## 开发
```bash
git clone https.com/Julius-Schmidt-pharmacogenomics.git
cp-pharmacogenomics
pip install -e ".[dev]"
pytest
```
## 路线图
- [ ] README中添加演示视频/GIF
- [ ] EU Clinical Trials Register集成（目前无公共API - 欧洲试验通过ClinicalTrials.gov注册涵盖）
- [ ] PharmVar星等位基因命名法查找
- [ ] FDA药代动力学生物标志物表格集成
## 许可证
MIT
