uniprotptmpy

uniprotptmpy [](https://github.com/tacular-omics/uniprotptmpy/actions/workflows/ci.yml) [](https://pypi.org/project/uniprotptmpyPython](https://img.shields.io/pypi/pyversions/uniprotptmpy)](https://pypi.org/project/uniprotptmpy/) [](LICENSE) 用于解析和查询 [UniProt 翻译后修饰（PTM）受控词汇](https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/knowledgebase/complete/docs/ptmlist.txt) 的 Python 库。 - 零核心依赖 - 捆绑 PTM 数据（748 条记录）- 开箱即用，支持离线使用 - 类型化、不可变的数据模型（`py.typed` / PEP 561） - TSV/CSV 导出和往返 `ptmlist.txt` 编写器 - 可选 FastAPI / [模型上下文协议](https://modelcontextprotocol.io) 服务器（`pip install uniprotptmpy[server]`） ## 在线查看 #### [点击我！](https://tacular-omics.github.io/uniprotptmpy/) 相同的数据库也可以作为托管的 REST + MCP 服务访问 - 请参见下面的 [HTTP API 和 MCP 服务器](#http-api-and-mcp-server)。 ## 安装 ```pip install uniprotptmpy ``` 或使用](https://docs..sh/uv/)： uv add unipmpy ``` 需要 Python 3.12+。无第三方依赖。 ## 快速入门 ```python from uniprotptmpy import load # 加载捆绑的 PTM 数据库 db = load() print(len(db)) # 748 # 按访问编号查找 entry = db.get_by_id("PTM-0450") print(entry.name) # (2-氨基琥珀酰亚胺基)乙酸（Asn-Gly） # 按名称查找（不区分大小写） entry = db.get_by_name("phosphoserine") print(entry.id # PTM-0253 在名称、ID、目标和关键词中进行全文搜索 results = db.search("acetylation") # 字典样式访问（如果则引发 KeyError） db["PTM-0450"] # 遍历所有条for entry in db: .id, entry.name) 化学公式 ```python = db.get_by_idM-0476") -羟基脯氨酸 print(entry.correction_formula) # O1 print(entry.dict_composition) # {'O': 1} print(entry.proforma_formula) # O ``` ### 导出到 TSV/CSV ```python # 将所有条目写入制表符分隔的文件 db.write_tsv("ptms.tsv") # 或 CSV db.write_tsv("ptms.csv", delimiter=",") # 独立函数也可用 from uniprotpt import write_tsv write_tsv(db, "ptms.tsv") ``` ### 写回 ptml 格式 ```python # 往返：写条目回原始 UniProt 平面文件格式 db.write_ptmlout/ptmlist.txt") 重新解析写入的文件 - 相同的条目数量和字段值 from uniprotptmpy import parse_ptm_list db2 = parse_ptm_list("out/ptmlist.txt") # 独立函数 from uniprotptmpy import write_ptmlist write_ptmlist(db, "out/ptmlist.txt") ``` ### 下载最新数据 ```python from uniprotptmpy, load path() # 下载到/uniprotptmpmlist.txt db(path) # 从下载 ``` ## HTTP API 服务器 可选的 `[ 额外功能提供了一个 Fast应用程序，通过 JSON REST API模型上下文协议](https://modelcontextprotocol.io) 公开，以便语言模型工具可以直接Prot PTM 词汇。 ```bash pip install unipmpy[server] orn uniprotpt.server.app:app --reload ``` ### REST 端点 | 方法和路径 | 返回值 | |---------------|---------| | `GET /api/health` | 服务元数据和条目计数。 | | `GET /api/entries?limit=&offset=` | 分页完整条目。 | | `GET /api/entries/{id}` | 按访问编号（`PTM-0450` 或 `0450`）获取单个完整条目。 | | `GET /api/entries/by-name/{name}`确切名称获取单个完整。 | | `GET /api/search?q=&limit=` | 搜索结果为轻量级摘要。 | 搜索响应仅包含 `{id, name, feature_type, monoisotopic保持令牌成本低；对任何搜索结果调用/entries/{id}`完整记录（包括分类范围）。 ### MCP 服务器 相同的 FastAPI 应用程序在 `POST /mcp` 上挂载一个 MCP 端点，包含三个工具： | 工具 | 用途 | |------|---------| | `get_by_id | 按访问编号查找单个 PTM。 | | `get_by_name(name)` | 精确名称查找。 | | `search(query, limit=25)` | 全文搜索返回摘要。 | 工具响应使用 MCP 的结构化输出机制：服务器在 `tools/list` 中发出每个工具的 `outputSchema`，并在 `tools/call` 上返回 `structuredContent`（类型化 Pydantic 实例）和 `content`（文本备用），以便 LLM 客户端可以解析响应而无需重新读取 JSON 字符串。 将您的 MCP 感知客户端配置为指向 `http://localhost:8000/mcp`（或您部署应用程序位置）。使用 Anthropic CLI 示例： ```bash claude mcp add uniprot-ptm http://localhost:8000/mcp --transport http ``` ## API 概述 | 符号 | 描述 | |--------|-------------| | `load(source=None)` | 加载 PTM 数据库。默认使用捆绑数据。 | | `download(dest=None 从 UniProt FTP ptmlist.txt| `parse_ptm_list(path)` | 将 ptmlist.txt 文件 `PtmDatabase`| `write_tsv(entries, path, *, delimiter)` | 将条目写入 TSV（或 CSV）文件。 | | `write_ptmlist(entries, path 将条目写回 ptmlist.txt 平格式。 | | `Database` | 索引集合，包含 `get_by_id()`、`get_by_name()`、`search()`、`write_tsv()`、`write_ptmlist()`、迭代和 `len()`。 | | `PtmEntry` | 冻结数据类，包含所有 PTM 字段，以及 `dict_composition` 和 `proforma_formula` 属性。 | | `FeatureType` | StrEnum：`CROSSLNK`、`MOD_RES`、`LIPID`、`CARBOHYD`、`DISULFID`| `CrossReference` | 冻结数据类，包含 `database` 和 `accession。 | | `Range` | 冻结数据类，包含 `taxon_name`、`tax_id`、` 和 `raw` | ## 开发 ```bash just install # 使用依赖项 just lintuff check just # ruff format # ty 类型检查 test # pytest # lint + 类型检查 + 测试 ``` ## 相关| 包 | 描述 | -------------| | [unim](https://github.com/tacular-omics/unimodpy) | 解析和查询 UNIMOD 质谱修改数据库 | | [psim](https://github.com/tacular-omics/psimodpy) | 解析和查询 PSI-MOD 蛋白质修改## 许可证 [)