motif

<p align="center"> <img src=".github/assets/motif-banner.png" alt="Motif — 分子生物学工作台，用于克劳德科学。" width="100%" /> </p> # Motif for 克劳德科学 [网站](https://jvogan.github.io/motif-site/) · [安装](docs/CLAUDE_SCIENCE_QUICKSTART.md) · [功能](docs/CAPABILITIES.md) · [示例](examples/README.md) · [安全](SECURITY.md) Motif 是克劳德科学的 AI 原生分子生物学工作台。它将序列记录和分析结果结合在一个自包含的 HTML 工作空间中，可以在本地或克劳德科学中打开。您可以检查和编辑记录，查看地图和比对，保存检查点，并导出工作空间 ZIP。 克劳德科学可以使用 `motif_open_workbench` 打开 MCP 应用。如果主机不显示应用，`motif_create_workbench_artifact` 返回一个自包含的 HTML 工作台，在右侧面板中打开。 <p align="center"> <img src="docs/assets/claude-science-motif-viewer.webp" alt="Motif 在克劳德科学中打开，包含两个序列记录、注释的序列详情、线性地图和限制性消化结果。" width="100%" /> </p> <p align="center"><em>克劳德科学中的 Motif，包含两个序列记录、注释的序列详情、线性地图和限制性消化结果。</em></p> 该仓库包含工作台、克劳德插件、独立技能和本地连接器的源代码。连接器从此检出构建和运行。 Motif 是一个独立的黑客马拉松项目，不是 Anthropic 产品或官方克劳德科学集成。 ## 使用编码代理安装 给克劳德代码、Codex 或另一个具有终端访问权限的本地编码代理该仓库和以下请求： ```text 从 https://github.com/jvogan/motif 安装克劳德科学的最新发布的 Motif 版本。 遵循 docs/CLAUDE_SCIENCE_QUICKSTART.md。 将检出放在一个稳定的本地文件夹中，运行 npm ci 和 npm run claude-science:setup，并仅使用捆绑的 examples/motif-demo.gb 文件进行第一个测试。 验证下载的发布资产是否与已发布的校验和匹配。 保留无关的本地连接器。 告诉我何时需要授予文件夹访问权限、重启克劳德科学或重新连接 motif-local。 ``` 有关手动安装，请遵循克劳德科学快速入门。 ## 包含的内容 - 具有注释、标签、注释和编辑工具的 DNA、RNA 和蛋白质记录 - 标准和每基详细序列视图，具有选择和编辑功能 - 具有特征、坐标、限制性位点、选择、标签和缩放/平移的圆形和线性地图 - 限制性消化预测、片段记录和定性凝胶 - 引物/PCR 设计、Gibson、Golden Gate、GoldenBraid 和传统连接工作流 - 适用于 2-10 个兼容记录（每个记录最多 3000 个残基）的浏览器内 MSA，以及对齐的 FASTA/CLUSTAL 的导入和审查 - 用于 MAFFT、MUSCLE 和 Clustal Omega 的外部 MSA 运行器，无需命令 shell，记录其版本、参数和哈希值 - 使用现有基调用导入和色谱图审查 AB1/ABI Sanger - ORF 和翻译分析，以及基于 PAM 的 CRISPR 引导候选者 - 工作流历史、键入的分析结果和纯文本或 JSON 附件，Motif 存储和显示但不执行 - 数据库 JSON 检查点和恢复，以及工作空间 ZIP 导出 - 确定的克劳德插件包、独立技能和本地 MCP 连接器，具有完整的 `ui://` 应用和嵌入式 HTML 回退 ## 从源代码开发 需要 Git 和 Node.js 22.12 或更新版本。从源代码检出： ```bash git clone https://github.com/jvogan/motif.git cd motif npm ci npm run preview:motif ``` 打开 `preview/motif-artifact.html`，或使用以下命令启动可编辑的 Vite 会话： ```bash npm run dev ``` ## 克劳德科学中的首次成功 从您打算保留的检出安装本地连接器： ```bash npm run claude-science:setup ``` 设置注册此检出的路径。 稍后移动文件夹需要再次运行设置。 授予克劳德科学访问确切的文件夹，完全退出并重新打开应用程序，然后重新连接 **motif-local**。 连接器公开确切的 `motif_open_workbench` 和 `motif_create_workbench_artifact`。 对于最可靠的第一个视觉结果，请附加捆绑的合成 [`examples/motif-demo.gb`](examples/motif-demo.gb) 并要求克劳德科学： ```text 读取 motif-demo.gb 的完整文本，包括 ORIGIN。 调用 motif-local 的 motif_create_workbench_artifact 函数，文件名 "motif-demo.gb"，完整内容，标题 "Motif demo — MOTIFDEMO"，输出文件名 "motif-demo-workbench.html"。 保存确切返回的 HTML 作为克劳德科学的工件，并在右侧面板中打开它。 报告记录名称、拓扑结构和残基数。 ``` 单击生成的 HTML 以打开交互式工作台。 文件包含输入和用于创建它的 Motif 构建的快照； 稍后源代码或构建更改不会更新它。 导出新的检查点以保存工作台中进行的编辑。 有关权限、验证和可选的实时应用步骤，请参见克劳德科学快速入门。 要使克劳德准备具有彩色注释的工作台，请替换此提示中的括号文本： ```text 读取附加的完整序列文件。 构建一个 Motif 有效载荷，保留源序列、记录名称、分子类型、拓扑结构、坐标和现有注释。 仅添加以下注释：[名称、类型、坐标和方向]。 为新注释类型分配不同的可读颜色； 使用相同类型的注释颜色相同，并保持相邻的功能易于区分。 使用有效载荷调用 motif_create_workbench_artifact，保存确切返回的 HTML 作为克劳德科学的工件，并在右侧面板中打开它。 ``` 公共示例还包括合成 FASTA、比对 CLUSTAL 和完整的 workspace JSON 输入，具有预期的身份。 ## 构建可分发版本 ```bash npm run build:motif ``` 构建写入： ```text dist-motif/ ├── claude-science/ │ ├── motif-mcp-app.html │ └── motif-mcp-server.mjs ├── motif-template.html ├── motif-artifact.html ├── motif-for-claude-science/ ├── motif-for-claude-science.zip ├── motif-for-claude-science.checksums.json └── motif-for-claude-science-skill/SKILL.md ``` HTML 和 MCP 应用是自包含的：Vite 的 JavaScript 和 CSS 资产被内联，插件包含其编译的连接器、应用、模板和工件资源。 ZIP 是确定的，其文件/存档 SHA-256 值记录在其旁边。 插件 ZIP 用于克劳德/plugin 主机。 它不安装克劳德科学本地连接器。 而是使用源代码检出运行 `npm run claude-science:setup`。 要使用预加载的数据生成另一个存储库本地工件： ```bash npm run build:motif -- \ --payload ./inventory.json \ --out ./preview/my-motif-workspace.html ``` 仅当 `--handoff /explicit/path/motif-artifact.html` 用于将副本写入存储库外部时才使用。 默认情况下，构建仅写入存储库内。 ## 验证 ```bash npm run typecheck npm run lint npm test npm run test:plugin npm run test:connector npm run check:css-tokens npm run check:aria-controls npm run build:motif npm run test:e2e npm run test:e2e:msa ``` 当安装了克劳德 CLI 时，`npm run validate:plugin` 添加了严格的验证。 ## 克劳德科学本地连接器 对于全新安装，请遵循公共克劳德科学快速入门。 构建、检查和注册连接器： ```bash npm run claude-science:setup ``` 设置构建连接器并在更改克劳德科学的配置之前检查其协议。 然后，它添加一个确切的 `motif-local` 条目，保留无关的条目，并写入私有备份，然后安装更改的配置。 授予 Motif 检出在克劳德科学中读取访问权限，完全退出并重新打开应用程序，然后重新连接 `motif-local`。 连接器公开 `motif_open_workbench` 用于有界 Motif 有效载荷、FASTA、GenBank、原始序列或 Motif JSON 审查。 传递完整文本及其确切文件名。 成功结果意味着 Motif 解析了输入； 只有可见的 Motif 帧确认克劳德科学安装了 MCP 应用。 一些本地/自定义连接器构建不列出 Motif 在工件查看器选择器中； 仅当 Motif 出现在那里时才使用该路径。 如果没有工作台出现，请使用 `motif_create_workbench_artifact`。 保存确切返回的 HTML 资源，然后在克劳德科学的右侧面板中打开它。 文件包含输入和用于创建它的 Motif 构建的快照； 稍后源代码或构建更改不会更新它。 连接器不写入数据库或运行外部可执行文件。 它使用 Motif 的有界页面本地工作空间 API，不公开通用 DOM、评估、shell 或文件系统桥。 设置、验证、回滚和主机限制在克劳德科学集成中有详细说明。 已知主机错误、重新加载边界和视觉验收步骤在 Motif + 克劳德科学故障排除指南中有详细说明。 ## 数据安全 Motif 没有托管后端。 独立 HTML 不将序列数据上传到 Motif 服务。 外部 MSA 工具仅在 HTML 外显式调用时运行。 通过克劳德科学提供的数据仍然受您的克劳德和组织数据策略的约束。 未经授权，请勿使用敏感或未发布的序列。 工作区导出是未加密的文件； 根据其敏感性存储和备份它们。 有关有效载荷、MSA、Sanger、安装和安全详细信息，请参见插件自述文件。 公共功能参考区分内置分析与 Motif 可以存储和显示的外部生成结果。 有关项目支持和发布信息，请参见 SUPPORT.md、SECURITY.md、CHANGELOG.md 和 THIRD_PARTY_NOTICES.md。 ## 许可证 MIT。 重新分发的插件包必须保留 `LICENSE`、`THIRD_PARTY_NOTICES.md` 和记录级参考出处。