内容
# SciFlow —— 科研全流程 AI 助手
> **Local-First AI Research Workbench · 单用户本地科研智能体工作台**
[](https://github.com/Morningstar202604/sciflow/actions/workflows/ci.yml)
[](LICENSE)
[-339933.svg)](package.json)
[](package.json)
[](CHANGELOG.md)
> **🌐 语言 / Language：[中文](README.md) · [English](README.en.md)**
> **仓库镜像（五平台同步）**
> [GitCode](https://gitcode.com/badhope/sciflow) · [Gitee](https://gitee.com/badhope/sciflow) · [GitHub · badhope](https://github.com/badhope/sciflow) · [GitHub · X33834](https://github.com/X33834/sciflow) · [GitHub · Morningstar202604](https://github.com/Morningstar202604/sciflow)
> GitHub 三仓运行同一套 CI：lint · typecheck ×2 · vitest ×2 · build ×2 · mock 全量回归（161 项）· promptfoo 契约评估 · Playwright 冒烟；GitCode 与 Gitee 同步同一发布树。
SciFlow 是一个**本地优先、单机部署**的科研 AI 助手：输入一个研究主题，自动完成 **文献调研 → 研究规划 → 大纲（人工确认）→ 分章起草（边写边查的 Agentic RAG）→ 质量门评分（不达标自动 Reflexion 回炉）→ 润色 → 引用格式化 → 投稿辅助** 的科研全生命周期，并以 NotebookLM 式 RAG 知识库 + 可视化工作台沉淀过程资产。
- **零外部 AI 依赖**：AI 只通过 **OpenAI 兼容协议**（Vercel AI SDK 传输层）对接你自己的模型 Key，兼容 Ollama / LM Studio 等本地端点。
- **本地优先**：SQLite 单文件开箱即跑，你的文献、笔记、记忆、Key 全部落本地，不建多租户、不上传第三方云。
## 📸 界面预览
| 对话工作台 · 首屏默认视图 | 全自动流水线 · 多智能体编排 |
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| 论文写作 · 大纲 + AI 助手 + 公式渲染 | 质量评分 · 7 维雷达 + 改进建议 |
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| 文献库 · 筛选与编码矩阵 | 知识库 RAG · 引用问答 |
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> 截图来自真实运行界面（本地部署 · 内置 AI 网关实测）。
## ✨ 特性
### 写作与定稿
- **大纲先行（outline-first）**：AI 生成研究计划与章节大纲，写作页编辑 / 预览 / 分栏三态切换。
- **分章起草 + Agentic RAG**：每章边写边查本地知识库，文内 `[n]` 锚点与文末列表一一对应。
- **学术润色**：三段式润色（原文 + 润色文 + 理由）、中英互译、降重改写；自动保护图表与「参考文献」尾部不被洗掉。
- **多版本历史 + 版本 diff**：每次定稿留存快照，逐版本 LCS 文本比对（`VersionDiffModal`）。
- **一键导出**：Markdown / HTML / LaTeX(.tex) / Word(.docx)，投稿交稿即用。
### 引用与文献
- **8 种引用样式**：APA / IEEE / Vancouver / **GB/T 7714** / Nature / Chicago / Springer / ACS。
- **文内锚点重排**：顺序编码制正文 `[n]` 保持插入序；著者-年制按正文首现自动加 a/b 后缀重排（`CiteReorderButton`）。
- **BibTeX / RIS 导入导出**：文献库元数据去重指纹、`reading_status` 状态机（unread / reading / read / cited）。
- **PRISMA 筛选 + 编码矩阵**：文献调研页按纳入/排除标准筛选、编码归纳。
- **力导向引用网络**：sigma.js + graphology + ForceAtlas2（WebGL 渲染）可交互图谱，直观呈现文献间引用关系。
### 知识库 RAG（NotebookLM 式）
- 本地 **sqlite-vec 向量 ANN + FTS5 trigram 全文**混合检索（嵌入模型不可用时自动回退全文；中文查询 3-gram OR 展开）；知识库资料与文献双向绑定，命中块带来源作者/年份卡片。
### 全自动流水线
- **LangGraph 编排 + 人工确认点**：主题验证 → 文献调研 → 大纲生成 → **大纲人工确认（interrupt）** → 分章起草（并行，并发数可配）→ **7 维质量门**（<80 触发 Reflexion 回炉，最多 3 轮，自动取最高分轮次定稿）→ 润色 → 引用格式化；对话工作台内直接确认与续跑。
- **Checkpoint 断点续跑**：服务重启后自动恢复中断任务，从草稿阶段幂等续跑。
- **模型路由**：fast / strong 双档，问答润色走快模型，规划/长文/评审自动切强模型。
### 质量与评审
- **7 维质量评分**：文献 / 逻辑 / 引用 / 语言 / 创新 / 图表 / 格式（0–100），Recharts 雷达图 + 历史评分对比。
- **审稿闭环**：审稿意见结构化解析、逐条回复模板、修回截止日倒计时。
### 投稿辅助
- 选刊匹配（按主题/范围推荐）、Cover Letter 生成、投稿状态跟踪（投稿→under review→修回→录用/拒稿→转投串联）。
### 实验与记忆
- **实验沙箱**：隔离 `spawn` 执行 Python 脚本（`SANDBOX_PYTHON` / `SANDBOX_TIMEOUT_MS` 可配），资源上限防护，降级时给出引导。
- **记忆中心**：情景记忆（项目自动沉淀）+ 程序记忆（写作风格指令，起草自动注入）。
- **学习复盘卡 / 思维导图**：流水线复盘要点结构化沉淀。
### 体验细节
- **⌘K 命令面板**：全局导航 / 新建项目 / 暗色切换；`#/` hash 路由深层链接直达。
- **MCP 工具台**：AI 能力协议化为标准 MCP 工具，设置页逐个可视化调用，参数 JSON Schema 动态校验（Guardrail 拒参即报错）。
- 全站错误文案中文化、移动端窄屏适配、品牌渐变视觉系统。
## 🏗 技术栈
| 端 | 技术 |
| --- | --- |
| 后端 `apps/server` | NestJS 11 · TypeScript（strict）· Drizzle ORM · better-sqlite3（WAL）· Vercel AI SDK（OpenAI 兼容）· LangGraph（编排 / 断点续跑 / 人工确认）· MCP 官方 SDK · zod · helmet + pino · MSW 进程内 mock 网关 |
| 前端 `apps/web` | React 19 · Vite 6 · TypeScript · Tailwind CSS v4 · TanStack Query / Table · Recharts · sigma.js + graphology · streamdown（流式 Markdown）· CodeMirror 6 · react-markdown + KaTeX |
| 桌面端 `apps/desktop` | Electron 38（内嵌 Node 22，原生支持 require(ESM)）· 内嵌后端（`ELECTRON_RUN_AS_NODE`）· 本地 SQLite（userData 隔离，打包时自动按 Electron ABI 重编原生模块）· electron-builder 三平台打包 · electron-updater 自动更新（opt-in） |
| 工程 | pnpm workspace · vitest（server 16 / web 15）· Playwright 冒烟 · promptfoo 契约评估 · GitHub Actions 三 job（类型/单测/构建 · 全量回归 · E2E+评测）· Python 3 回归脚本（161 项） |
**架构概览**
```
apps/server/src/ 后端模块（NestJS）
├── ai/ AI SDK 模型层 + Prompt 模板 + MSW mock 网关 + 全局令牌桶限流
├── projects/ 项目管理 ├── documents/ 文档/润色/翻译/引用/版本/导出
├── references/ 文献库 + 综述 ├── knowledge/ RAG 知识库（向量 + FTS5 全文）
├── pipeline/ LangGraph 编排（interrupt/checkpointer）├── agent/ Agent 执行轨迹
├── research/ 文献调研 + 质量评分 + 投稿辅助（controller 集中于此）
├── judgment/ 评审闭环 ├── experiments/ 实验沙箱
├── chat/ SSE 流式问答 ├── memory/ 情景/程序记忆
├── mcp/ MCP 工具协议化 ├── settings/ 设置/模型连通自检
├── dashboard/ 工作台聚合 ├── db/ Drizzle schema + SQLite
└── common/ 输入校验等公共件
apps/web/src/pages/ 前端页面
Dashboard(工作台) · Writing(论文写作) · Literature(文献调研) · Knowledge(知识库)
Pipeline(全自动流水线) · Quality(质量评分) · Experiments(实验记录) · Memory(记忆中心)
Chat(科研问答) · Submission(投稿辅助) · Settings(设置)
```
数据链条：`Project → Document（多版本）→ Citation → Reference（真实可追溯）`；`PipelineTask` / `AgentExecution` / `ReflexionLog` / `MemoryLog` / `LlmCallLog` 分别记录流水线状态、Agent 执行轨迹、回炉反思、记忆沉淀与 token 成本。
## 🚀 快速开始
要求：Node ≥ 20（CI 锁定 Node 22）、pnpm ≥ 9（本仓库锁定 `pnpm@11.7.0`）
```bash
# 1. 克隆并安装依赖
git clone <你的仓库镜像地址> sciflow && cd sciflow
pnpm install
# 2. 配置 AI（复制模板并填写你自己的 Key；模板已含全部变量说明）
cp apps/server/.env.example apps/server/.env
# 编辑 apps/server/.env：至少填 AI_BASE_URL / AI_API_KEY / AI_MODEL
# 3. 编译后端
pnpm --filter @sciflow/server build
# 4. 启动（两个终端）
# 后端 :3000
node apps/server/dist/main.js
# 前端 :5173
pnpm --filter @sciflow/web dev
# 5. 浏览器打开
# http://localhost:5173
```
> SQLite 首次启动自动建表（默认 `apps/server/data/sciflow.db`），零配置开箱即跑。
> 后端默认仅监听 `127.0.0.1`；确需局域网暴露时显式设置 `HOST=0.0.0.0`。
### 🖥 桌面应用端（可选）
```bash
pnpm install && pnpm build # 先构建后端与前端
pnpm icons # 从矢量母版生成应用图标（首次）
pnpm desktop:dev # 开发调试（前端 dev server + 桌面壳）
pnpm desktop:dist # 打包当前平台安装包 → apps/desktop/release/
```
数据落平台规范目录（Windows `%APPDATA%\SciFlow`），离线可用；详见 [`apps/desktop/README.md`](apps/desktop/README.md) 与 [`docs/BRAND.md`](docs/BRAND.md)。
## 🔑 AI 配置说明
SciFlow 支持**任意 OpenAI 兼容端点**，只需要填 `base_url` + `model` + `key`：
| 变量 | 说明 | 示例值（占位，非真实 Key） |
| --- | --- | --- |
| `AI_BASE_URL` | OpenAI 兼容接口地址 | `https://api.deepseek.com/v1` |
| `AI_API_KEY` | 你的 API 密钥 | `sk-your-api-key-here` |
| `AI_MODEL` | 默认模型 | `deepseek-chat` |
| `AI_MODEL_FAST` | fast 档（问答/润色/翻译/评审 JSON） | 留空则回落 `AI_MODEL` |
| `AI_MODEL_STRONG` | strong 档（规划/长文起草） | 留空则回落 `AI_MODEL` |
| `AI_RPM_CAP` | 每分钟 AI 调用上限（令牌桶防 429） | `8`（长流水线建议 100+） |
| `AI_MOCK` | 设为 `1` 启用进程内 mock 网关（MSW 拦截，无 Key / 无外网跑全链路） | `1` |
| `CORS_ORIGIN` | 允许的前端来源（逗号分隔） | `http://localhost:5173` |
兼容端点示例（任选其一，格式均为 `base_url` + 模型名）：火山方舟 `https://ark.cn-beijing.volces.com/api/v3`、DeepSeek `https://api.deepseek.com/v1`、豆包、智谱 `https://open.bigmodel.cn/api/paas/v4`、Kimi `https://api.moonshot.cn/v1`、Ollama 本地 `http://localhost:11434/v1`、云知声 u2-flash 网关等。
> 未配置 Key 时项目管理 / 文献库 / RAG 等本地功能照常可用；AI 功能会给出明确配置提示，**不返回假数据**。
## 🧪 测试与回归
```bash
# 类型检查（双端，CI 强制）
pnpm --filter @sciflow/server typecheck
pnpm --filter @sciflow/web typecheck
# 单元测试（vitest：server 16 条 + web 15 条）
pnpm --filter @sciflow/server test
pnpm --filter @sciflow/web test
# 构建（双端）
pnpm --filter @sciflow/server build && pnpm --filter @sciflow/web build
# E2E 冒烟（Playwright；前置：mock 后端 :3000 + web dev :5173 均已启动）
pnpm exec playwright test
# prompt 契约评估（promptfoo，离线；前置：server build + 下方 mock HTTP 网关）
pnpm exec promptfoo eval -c evals/promptfooconfig.yaml
```
### 内置 mock AI 网关（无 Key / 无外网跑全链路）
`AI_MOCK=1` 时以 **MSW 在进程内拦截**全部 AI 调用（不占端口、零网络），按 prompt 关键词返回**确定性**响应（研究计划/大纲 JSON、带 `[Ref:N]` 的中文章节、≈87 分 7 维评分不回炉、三段式润色、RAG 答案、期刊匹配等），并支持 SSE 分块。
```bash
# 起后端（mock 模式，放宽限流）
AI_MOCK=1 AI_RPM_CAP=120 DATABASE_PATH=/tmp/sciflow_regression.db PORT=3000 \
node apps/server/dist/main.js
# 另一终端：全量回归（覆盖全部路由 + 一条流水线端到端产物断言）
SCIFLOW_BASE=http://localhost:3000 AI_MOCK=1 \
python3 scripts/full_regression.py
```
> 外部工具（如 promptfoo）需要真实 HTTP 端点时：`node apps/server/scripts/mock-openai-http.mjs`——复用同一路由表，监听 `127.0.0.1:5099`。
回归基线（全新库 + mock 网关实测，见 `scripts/full_regression.py`）：**PASS 161 / FAIL 0 / KNOWN 0**（KNOWN 机制保留但当前为空集：历史 11 项存量缺口已全部修复）。mock 网关仅用于测试/演示，不代表真实模型能力。
## 📚 文档索引
| 文档 | 内容 |
| --- | --- |
| [`ARCHITECTURE.md`](ARCHITECTURE.md) | 架构唯一真理源：依赖地图 / 防重复造轮子守则 / 阶段进度与待办 |
| [`docs/product-roadmap.md`](docs/product-roadmap.md) | 产品路线图：现状能力矩阵、设计原则、差距与缺口 |
| [`docs/index.html`](docs/index.html) | 项目官网（静态单页，浏览器直开；GitHub Pages 首页） |
| [`docs/sciflow-code-tree.html`](docs/sciflow-code-tree.html) | 全仓代码树可视化（浏览器打开） |
| [`docs/screenshots/`](docs/screenshots/) | 对话工作台 / 流水线 / 写作 / 质量 / 文献库 / 知识库 实机截图 |
| [`CONTRIBUTING.md`](CONTRIBUTING.md) | 开发环境、提交规范、PR 流程 |
| [`SECURITY.md`](SECURITY.md) | 安全设计要点与漏洞披露方式 |
| [`CHANGELOG.md`](CHANGELOG.md) | 版本变更记录 |
## 🌱 演示数据说明
- 首次启动在演示项目中预置 **1 篇示例文献 + 1 份知识库资料**，便于立刻体验文献绑定、RAG 检索与流水线；
- 全流程产物（文档/版本/引用/记忆）均存于本地 SQLite，删除 `DATABASE_PATH` 指向的 db 文件即可回到干净状态。
## 🐳 Docker 部署
```bash
cp apps/server/.env.example .env # 按注释填写 AI_BASE_URL / AI_API_KEY / AI_MODEL
docker compose up -d --build # 前端 nginx 静态托管 :8080 → 后端 :3000
# 容器部署需设置 CORS_ORIGIN=http://localhost:8080
```
## 📜 License
[MIT](LICENSE) © 2026 SciFlow Contributors
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